Sau khi từ giã chính trường, ông sống tại Thành phố Hồ Chí Minh.

Trong 11 năm, từ 1997 đến lúc mất, trước mỗi sự kiện nóng bỏng, quan trọng mang tầm quốc gia hoặc ảnh hưởng lớn đến quyền lợi nhân dân, Võ Văn Kiệt lại lên tiếng với tư cách một người công dân.[7] Ông là cựu lãnh đạo Việt Nam đầu tiên công khai đặt vấn đề hòa hợp, hòa giải dân tộc. Võ Văn Kiệt cũng đã có ý kiến chính thức với lãnh đạo đất nước là nên đối thoại với những người bất đồng chính kiến,[8] ông nói: "chính kiến khác nhau, ý kiến khác nhau là bình thường, và điều quan trọng là cần phải có đối thoại, nói chuyện với nhau một cách sòng phẳng".[9] Và về việc bầu cử đại biểu Quốc hội ông cũng có nhận định: "Một quốc hội có người tự ứng cử và được dân bầu lên một cách tự do sẽ tốt hơn quốc hội bây giờ".

Trong những năm cuối đời, ông phát biểu ý kiến, kiến nghị với các cơ quan đảng và nhà nước nhiều hơn. Từ những vấn đề trọng đại như ý kiến đóng góp với Đại hội X, hoà hợp dân tộc, đến những kiến nghị, góp ý, phát biểu về những sự việc cụ thể như: quy hoạch về thành phố dọc sông Hồng, việc xây nhà Quốc hội,...[10]

Năm 2005, Võ Văn Kiệt phát biểu "Một sự kiện liên quan đến chiến tranh khi nhắc lại, có hàng triệu người vui, mà cũng có hàng triệu người buồn. Đó là vết thương chung của dân tộc, cần được giữ lành thay vì lại tiếp tục làm cho nó thêm rỉ máu... Đối với Việt Nam, nhất là ở miền Nam, tôi thường biết và hiểu nhiều gia đình đều có hai bên hết. Chính trong thân tộc của tôi, các anh em tôi, các cháu ruột của tôi cũng có số bên này và số bên kia. Cái đó có hoàn cảnh của nó. Có những gia đình một người mẹ có con đi chiến đấu, chết ở bên này và đứa con khác thì đi chiến đấu chết ở phía bên kia...".[11] Ngày 30/4/2007, trả lời phỏng vấn BBC, ông phát biểu "Tổ quốc là của mình, dân tộc là của mình, quốc gia là của mình, Việt Nam là của mình, chứ không phải là của riêng của người cộng sản hay của bất cứ tôn giáo hay phe phái nào cả... Hơn 30 năm rồi, năm nay nữa là 32 năm, không có lý do gì giữa chúng ta với nhau không hòa giải được... Tôi đã đặt vấn đề này và cũng viết trong một số bài rằng có một cách nhìn méo mó từ phía một số người cộng sản rằng yêu nước và yêu chủ nghĩa xã hội là đúng, còn những người yêu nước khác mà không yêu chủ nghĩa xã hội thì không yêu nước đủ như mình... Có hàng trăm con đường yêu nước khác nhau. Tổ quốc Việt Nam không của riêng một đảng, một phe phái, tôn giáo nào... ". Võ Văn Kiệt cho rằng đã tới lúc bỏ lại phía sau những chia rẽ mà theo ông phần nhiều do nước ngoài can thiệp gây ra. Theo ông "chính kiến khác nhau, ý kiến khác nhau là bình thường, và điều quan trọng là cần phải có đối thoại, nói chuyện với nhau một cách sòng phẳng... chính phủ không nên áp dụng biện pháp hành chính đi đầu với họ, trừ phi là con người hoặc sự việc đó có nguy hại đối với đất nước, nhưng không được quy chụp người ta".[12][13] Ông cho rằng: "quốc gia nào khắc phục được những mâu thuẫn nội tại để cùng tìm thấy niềm tự hào chung, lợi ích chung thì có thể tạo ra sức mạnh nội lực và do đó càng có uy tín quốc tế. Kể cả những nước nhỏ, nếu có những yếu tố đó thì cũng vẫn tạo ra thế mạnh. Ngược lại, nơi nào mà dân tộc chia rẽ, đối địch với nhau, thì dù có tài nguyên quốc gia phong phú, có dân số đông đúc, vẫn không tạo ra sức mạnh, vị thế quốc tế, do đó cũng không thể vững vàng... Những kinh nghiệm quốc tế vừa qua càng chỉ rõ thêm rằng, nếu chỉ dùng đối đầu và bạo lực để giải quyết những thù hận thì chỉ đẻ ra thù hận. Nếu dùng cách cảm hóa để giải quyết thù hận thì có thể triệt tiêu được thù hận và tạo ra sức mạnh càng ngày càng dồi dào hơn. Nếu cứ còn chia rẽ do hận vì bại, kiêu vì thắng, thì có ích gì cho bản thân, cho đất nước, cho hình ảnh Việt Nam trên trường quốc tế? Nhìn ra thế giới, càng nghiệm thấy rằng tài nguyên lớn nhất cho mọi quốc gia chính là tài nguyên con người. Nếu quy tụ được sức người, thì nhiều nguồn lực khác cũng có thể được quy tụ. Con người mà không quy tụ, thì mọi nguồn lực khác cũng rơi rụng... Muốn thế, cần ngồi lại với nhau. Bằng thiện chí, bằng tấm lòng chân thật, hãy cùng nhau xem lại một cách sòng phẳng những chỗ hay, chỗ dở, chỗ nào đã khắc phục được rồi, chỗ nào còn phải hoàn thiện tiếp... "[14]

Võ Văn Kiệt đã lên tiếng trên công luận bày tỏ quan điểm lo ngại về các dự án như: nhà máy lọc dầu Dung Quất,[15] thành phố bên sông Hồng,[16] việc xây dựng tòa nhà quốc hội mới[17] và lần gần nhất là về vấn đề mở rộng Hà Nội (giữa tháng 5/2008 ông có ra Hà Nội để vận động dừng việc mở rộng thủ đô nhưng ông đột ngột ốm và mất vài tuần sau đó).[18] Ông viết: "Thủ đô của cả nước, của cả dân tộc và cả của lịch sử. Không nên và không được phép đưa thủ đô làm nơi thí nghiệm cho bất cứ mục đích gì."[19]

Bên cạnh đó, ông còn bày tỏ rõ quan điểm ủng hộ sự tự do của báo chí đối với các tổ chức chính trị và chính quyền, quan điểm này được thể hiện rõ ở việc ông can thiệp vào sự kiện Thành Đoàn Thành phố Hồ Chí Minh thay thế các vị trí quản lý ở báo Tuổi Trẻ nhằm cài cắm người để quản lý.[20]

Võ Văn Kiệt qua đời khi đang điều trị tại Bệnh viện Mount Elizabeth, Singapore[2] vào lúc 8 giờ 40 phút ngày 11 tháng 6 năm 2008 (giờ Singapore, tức 7 giờ 40 phút cùng ngày theo giờ Hà Nội).[21] [cần dẫn nguồn] Theo Reuters, ông qua đời do tuổi cao và bị viêm phổi cấp tính,[2] còn theo AP thì ông qua đời do gặp tai biến mạch máu não.[1]

Báo chí Việt Nam chính thức thông báo về cái chết của ông vào tối ngày hôm sau, sau khi các hãng thông tấn quốc tế đã đưa tin và nhiều nhà lãnh đạo quốc tế đã gửi lời chia buồn.[22] 19 giờ ngày 12 tháng 6 năm 2008, Ban Chấp hành Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam ra thông cáo về cái chết của ông và việc tổ chức tang lễ cho ông với nghi thức Quốc tang trong hai ngày 14 tháng 6 và 15 tháng 6 năm 2008,[23] thông cáo này được phát trên kênh VTV1, VTV2, VTV3, VTV5, VTV Huế, VTV Đà Nẵng, VTV Phú Yên, VTV Cần Thơ của Đài Truyền hình Việt Nam, Đài Tiếng nói Việt Nam, kênh HTV9 của Đài Truyền hình Thành phố Hồ Chí Minh, Đài Tiếng nói Nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh, một số đài địa phương và các tờ báo ra ngày 13 tháng 6 năm 2008. Lễ viếng và lễ truy điệu của ông được tổ chức ở đồng thời ba nơi: Thủ đô Hà Nội, Hội trường Thống Nhất (nơi đặt linh cữu của ông) và trụ sở Ủy ban nhân dân tỉnh Vĩnh Long (quê hương ông), trưởng ban lễ tang nhà nước là Nông Đức Mạnh, Tổng bí thư Đảng Cộng sản Việt Nam. Lễ an táng được tổ chức vào trưa ngày 15 tháng 6 tại nghĩa trang TP. Hồ Chí Minh.[6] Lễ truy điệu và an táng của Đồng chí Võ Văn Kiệt đã được truyền hình trực tiếp trên kênh VTV1, VTV4, VTV5 của Đài Truyền hình Việt Nam, kênh HTV7, HTV9 của Đài Truyền hình Thành phố Hồ Chí Minh, kênh THVL của Đài Phát thanh - Truyền hình Vĩnh Long, phát thanh trực tiếp trên sóng Đài Tiếng nói Việt Nam và Đài Tiếng nói Nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh, từ 8 giờ 50 phút đến 11 giờ 30 phút ngày 15 tháng 6 năm 2008.